O fabrico de medicamentos numa empresa farmacêutica passa pela criação e manutenção de uma organização bem definida, que permita que a gestão do pessoal, das instalações, dos bens e dos equipamentos se realize de modo efetivo e coordenado.  

É importante salientar que a maioria das indústrias farmacêuticas, por se tratar de multinacionais com sede noutros países, por norma, não possuem fábricas em Portugal. Consequentemente, são poucos os farmacêuticos a laborar na secção de produção de uma indústria farmacêutica em Portugal.

As funções que o farmacêutico responsável pela produção pode executar são as seguintes:

·      Elaboração de Normas e manuais de procedimentos ou Procedimentos Operacionais Normalizados (PON);

·  Validação de métodos de fabrico e dos sistemas de informação, seleção e qualificação dos fornecedores e dos fabricantes subcontratados;

·      Gestão de qualidade, no que diz respeito aos produtos, processos e procedimentos;

·      Aplicação do manual de qualidade interna, sendo que é responsável por este nas auditorias de qualidade e autoinspeções.