O Departamento de Formação e Ensino (DFE) tem como principal objetivo a capacitação dos estudantes do Mestrado Integrado em Ciências Farmacêuticas (MICF) enquanto futuros profissionais de saúde de excelência.
Desta forma, o DFE responsabiliza-se por idealizar e organizar atividades de índole formativa, científica e política, acessíveis a todos os estudantes do MICF, com temas atuais do setor farmacêutico, colmatando as necessidades académicas e enriquecendo a formação dos mesmos.
O Fórum educacional é a mais antiga atividade formativa da APEF, e possibilita a discussão entre os estudantes, através de grupos de trabalhos sobre temas da atualidade do setor farmacêutico, onde estes têm a possibilidade de apresentar as conclusões retiradas das discussões a um painel de oradores.
O ciclo de Webinars denominado APEForma consiste em sessões formativas online com temas complementares à formação base dos estudantes, que estejam na ordem do dia.
A maior atividade do departamento é o Congresso Nacional dos Estudantes de Farmácia (CNEF), uma atividade bandeira da APEF, que tem como objetivo fornecer aos estudantes conhecimento acrescido às suas formações académicas e fomentar o espírito crítico, abordando temas pertinentes e atuais do setor farmacêutico.