A Associação Portuguesa de Estudantes de Farmácia é composta por três Órgãos Sociais, exercendo as suas funções por intermédio de uma equipa de vinte e três pessoas: a Direção (DAPEF), o Conselho Fiscal e Disciplinar (CFD) e a Mesa da Assembleia Geral (MAG).
A Direção é constituída pelo Executivo (Presidente, quatro Vice-Presidentes, Tesouraria e Secretariado) e pelos vogais dos Departamentos abaixo mencionados.
Seguem-se os Órgãos Sociais da APEF do mandato de 2022/2023: